فقر الدم المنجلي قد يسبب مشاكل كثيرة منها:

• الالتهابات :
  واحدة من أخطر المشاكل التي يتعرض لها المصابون بفقر الدم المنجلي. الالتهابات الرئوية و تشكل مشكلة حقيقية و خطيرة بالنسبة للرضع و الأطفال الصغار قد تسبب الوفاة إذا لم يتم علاجها مبكرا. هذه الالتهابات تحدث بسبب خلل في الطحال إذ إن كريات الدم الحمراء المتمنجلة تسبب انسداد في الطحال يؤدي إلى تليف الطحال و فقدان وظيفته تخليص الجسم من الجراثيم بذلك يصبح الجسم معرض للالتهابات. يمكن وقاية الطفل المصاب بفقر الدم المنجلي من الالتهابات بإعطائه البنسلين الوقائي من سن ثلاثة شهور حتى على الأقل الخمس سنوات.
  
• الألم: في بعض الأحيان كريات الدم الحمراء المتمنجلة قد تسبب ألم و ذلك بسبب قلة مرونتها و قابليتها للالتصاق بأغشية الأوعية الدموية الدقيقة مما يؤدي إلى انسدادها و بالتالي نقص نسبة الأوكسجين التي تصل إلى الأنسجة . نقص الأوكسجين يسبب الألم. الألم قد يكون شديد يستدعي العلاج في المستشفى إلا انه في الغالب يكون خفيف و يمكن علاجه في المنزل.
• فقر الدم ( نقص نسبة الهيموجلوبين في الدم): كريات الدم الحمراء المتمنجلة تتكسر بسرعة و بما إن الجسم لا يستطيع تعويض كل الكريات المتكسرة ينتج فقر الدم, إذا أصبح فقر الدم شديد قد يحتاج الطفل إلى نقل دم لمنع هبوط القلب و مشاكل أخرى.
• تلف أعضاء الجسم: نقص الأكسجين المزمن على مدى عدة سنوات بسبب الانسداد المتكرر للأوعية الدموية الصغيرة قد يؤدي إلى تلف بعض أعضاء الجسم و يمكن التقليل من هذا التلف بالعلاج المبكر و العناية المنزلية الجيدة.

معظم الأطفال و البالغين المصابين بفقر الدم المنجلي يعيشون حياة مديدة و طبيعية.
ليس كل مصاب بفقر الدم المنجلي سيعاني من كل هذه المشاكل, الأغلبية من المرضى يعانون من القليل من هذه الأعراض, قد تمر سنوات عديدة بدون ألم أو دخول المستشفى نسبة قليلة من المصابين يعانون من ألآلام مبرحة تستدعي دخولهم المستشفى.
قد يتغيب المرضى المصابين بفقر الدم المنجلي أكثر من غيرهم عن المدرسة أو العمل بسبب مراجعة الطبيب أو الدخول إلى المستشفى على الرغم من ذلك فالمرضى يمكنهم إتمام دراستهم و مواصلة أعمالهم بصورة طبيعية.
فقر الدم المنجلي يؤثر على الجسم و ليس على العقل